天下の九つの州を統べる牧雲氏の端王朝。巨大な軍力を擁する穆如家は、牧雲一族に絶対的な忠誠を誓い、彼らを守護してきた。明帝・牧雲勤の時代になり、星読み（
海上牧雲記 あらすじ）によって三つの予言が示された。一つ、第六皇子の牧雲笙は帝王の剣を握った時、天下に乱を起こして民を苦しめる。一つ、穆如家の三男である穆如寒江は、いずれ牧雲氏から帝位を奪う。一つ、瀚州に生まれた碩風和葉は鉄王剣を抜き、やがて九州を統一する。牧雲笙は父によって宮中に軟禁され、穆如寒江も父によって街角に捨てられ、碩風和葉は穆如軍によって一族を滅ぼされた。精霊を母に持つ牧雲笙には、特殊な能力があった。ある時、父を助けるために力を使ったが、逆に父に深手を負わせてしまう。以来、牧雲勤は病床に伏せ、朝廷の実権を皇后の南枯一族が握るようになる。皇后の子である牧雲合戈を帝位に就かせるため、伝国玉璽を偽造し、牧雲勤の暗殺を企てていた。
一方、牧雲勤の長兄・牧雲欒とその子息である牧雲徳は、九州各勢力と密謀して勢力を強め、朝廷転覆と皇位簒奪を狙っていた…。
海上牧雲記各話あらすじ
海上牧雲記第1話 「草原を継ぐ少年」
九つの州が天下を成す世界。その３分された大陸の北方にある瀚州（かんしゅう）の草原に、謎の男が逃げてきた。草原に生きる碩風（せきふう）部族の族長の息子・碩風和葉（わよう）は、外の世界を知りたいという好奇心から、男を連れ帰る。男は「黒い森」へ行かなければ天下が滅ぶと言いつのり、皇室に生まれた第６皇子・牧雲笙（ぼくうん･しょう）の秘密を語りだす。族長である父はなぜか激昂して男を追い出そうとするが、そこへ男を追って帝都最強の騎兵部隊・穆如（ぼくじょ）鉄騎が現れ……
海上牧雲記第2話 「掟のもとに」
枯れた土地に暮らす碩風部族は食料に困り、肥えた土地に住む速沁（そくしん）部族を襲撃して、一族を皆殺しにする。だが、ただ１人、難を逃れた速沁紫炎（そくしん･しえん）を碩風和葉は哀れに思い、見逃してしまった。族長の碩風達（
海上牧雲記キャスト）は激怒し、掟に従って息子に厳しい罰を与える。しかし、穆如家の騎兵部隊によって碩風部族もまた、草原の秩序を乱した罪で自決を命じられてしまう。一族を守るために、戦うか逃げるか、碩風達は決断を迫られることに……。
海上牧雲記第3話 「秀女と無頼と闘奴」
秀女（しゅうじょ）として宮中に上がるためにやってきた少女・蘇語凝（そ･ごぎょう）。深い森で、謎の師から夜毎に武芸の指南を受ける捨て子の少年・寒江（かんこう）。闘奴（とうど）として売られた碩風和葉。３人の運命が帝都で引き寄せられ回りだす。自らの立場に悩み、酔って森に迷い込んだ蘇語凝は、寒江が死闘の末に、師を殺した敵を倒す場に居合わせる。倒れた蘇語凝を宿へ送ってきた寒江は侵入者として捕らえられ、宿の主人で闘奴賭博の胴元でもある秦（しん）から、ある取引を持ちかけられる。
海上牧雲記第4話 「運命の星回り」
次代の皇后と予言された蘇語凝。妬みが渦巻く中で、秀女たちの宮中生活が始まった。皇后の姪・南枯月漓（なんこ･げつり）は、敵意を胸に秘めて蘇語凝に近づく。一方、自ら闘奴として身を売った寒江は、碩風和葉と共に強敵を倒したものの、穆如家（ぼくじょ･さく）の配下に闘技場から連れ去られてしまう。そして父・穆如槊と対面した寒江は、自らの出自を知った感激も束の間、帝位簒奪（さんだつ）者として世に戦乱を招く星回りを持つことを告げられ、父から自害を命じられる。
海上牧雲記第5話 「世を乱す者」
学友になるため牧雲笙の元を訪れた穆如寒江は、その宮殿のみすぼらしさに驚いた。そして牧雲笙の寂しい心のうちを知り、つい「守ってやる」と口に出してしまう。親の愛情に恵まれない２人の間に、友情が生まれたのだ。だが、２人はいずれ対決しなければならない運命。この不吉な星回りに抗いたい皇帝に、朝臣たちは早急に太子を決めるよう進言。皇后の外戚である南枯一族も、第３皇子の牧雲合戈（
海上牧雲記 相関図）を太子に立てるべく画策し……。
海上牧雲記第6話 「１２年前の真実」
牧雲笙は母親の銀容（ぎんよう）妃に会いたくて、穆如寒江と共に永銀宮を訪れる。絶世の美女と噂されていた母。だが、そこにいたのは醜い怪物だった。衝撃を受けて寝込んだ牧雲笙に同情する穆如寒江だったが、蘇語凝と再会して心が落ち着き、気を取り直して永銀宮（えいぎんきゅう）の侍女に話を聞きに行く。穆如寒江の言葉に心を打たれた侍女は、死を覚悟して牧雲笙の元を訪れ、12年前に起きた驚くべき出来事を静かに語り始めた……。
海上牧雲記第7話 「檻の外へ」
実父である皇帝が母にした仕打ちを知って落ち込む牧雲笙を誘い、穆如寒江は皇宮を脱出する計画を立てる。郊外での狩りに乗じて逃げ出した２人だが、追ってきた穆如槊に見つかって穆如寒江は皇子誘拐の罪で捕らえられてしまった。皇宮へ連れ戻された牧雲笙は「心がない」と父を非難。それを聞いて皇帝は激昂し、牧雲笙に剣を向ける。深く失望した牧雲笙は牢獄から穆如寒江を救い出し、碩風和葉らと共に再び皇宮を逃げ出した。
海上牧雲記第8話 「厄災の始まり」
自分の存在が穆如寒江と碩風和葉を苦しめていると知った牧雲笙は、自ら皇宮へ戻る。すると皇帝は牧雲笙を呼び出し、遠ざけたのは重荷を背負わせぬためだと胸の内を打ち明ける。心を打たれた牧雲笙は初めて皇帝を父と呼ぶ。だが、そこに墨禹辰（
海上牧雲記 dvd）が現れ、皇帝の命を狙う。父の窮地を救おうと飛び出した牧雲笙が天子の剣を抜いた瞬間、得体の知れぬ力が解き放たれる。星の動きが、大いなる厄災の始まりを告げていた。
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